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总额控制下的医保付费预算要得到有效执行，实现预算目标，需要一系列配套机制的支持，主要是协商谈判机制、费用分担机制和考核监督机制。
1.协商谈判机制
医疗保险付费制度改革涉及保、医、患三方的实际利益，医保经办机构在编制预算时，应当遵循公开透明的原则，向社会公开制定实施总额控制的程序和方法，同时建立利益相关方的协商谈判机制，如联席会议制度等。在分解地区总额控制目标时，广泛征求定点医疗机构、相关行业协会和参保人员代表的意见。有条件的地区可按级别、类别将定点医疗机构分为若干组，通过定点医疗机构推举代表或发挥行业学(协)会作用等方式，进行组间和组内协商，确定各定点医疗机构具体总额控制指标，促进定点医疗机构之间公平竞争。
2.费用分担机制
按照“结余留用、超支分担”的原则，合理确定基本医疗保险基金和定点医疗机构对结余资金与超支费用的分担办法，充分调动定点医疗机构控制医疗费用的积极性。在保证医疗数量、质量和安全并加强考核的基础上，逐步形成费用超支由定点医疗机构合理分担，结余资金由定点医疗机构合理留用的机制。如在总额预付制度中，当年医疗费发生指标低于年初下达的预算指标的，医疗机构按比例分享差额部分;高于年初下达的预算指标的，超过部分医疗机构按比例分担。在按人头付费制度中，实际基金使用率低于合理基金使用率的，偿付金额最高只能为合理结余费用的30%，并按比例划分包干机构使用和结转下年度使用的费用;实际基金使用率高于或等于合理基金使用率的，偿付金额最高为合理结余费用总额，并按比例划分包干机构使用和结转下年度使用的费用。
3.考核监督机制
总额控制下的医疗费支付预算要得到切实有效的执行，实现预算目标，需要将总额控制管理内容纳入定点服务协议，调整完善协议内容，建立相应的监督考核机制。一是要建立考核指标体系，逐步将次均费用、复诊率、住院率、人次人头比、参保人员负担水平、转诊转院率、手术率、择期手术率、重症病人比例等，纳入定点服务协议考核指标体系。二是要制定考核办法，并与费用结算挂钩，根据考核等级确定不同的医疗费结算、清算比例。三是强化医疗服务监管。针对实行总额控制后可能出现的推诿拒收病人、降低服务标准、虚报服务量等行为，加强对定点医疗机构医疗行为的监管。对于医疗服务数量或质量不符合要求的定点医疗机构，应按照协议约定适当扣减质量保证金。要定期向社会公布医疗费用动态情况。完善医疗保险信息系统，畅通举报投诉渠道，明确监测指标，加强重点风险防范。建立部门联动工作机制，加强对违约、违规医疗行为的查处力度。
医保基金预算，是推进总额控制下的付费制度改革的基础，更是强化医保基金管理和监督，保证基金安全完整，提高基金运行效益，实现医疗保险科学发展的保障。2010年，国务院发布了《关于试行社会保险基金预算的意见》，社会保险法也对社保基金预算作出了规定。但是，笔者以为，当前医保基金预算工作存在三个制约因素：一是对医保基金预算的重要性认识不足。医保部门受经验限制和工作惯性影响，对基金预算的重要性重视不够，重决算轻预算，基金收支缺少计划性。二是医保基金预算的专业能力不足。医保部门普遍缺乏基金预算特别是精算等专业人才，基础数据采集不全，数据质量不高，编制方法陈旧，编制准确、科学的基金预算的专业能力亟待加强。三是执行预算的原则性和灵活度不够。一方面，预算在执行中的约束力不强，存在因人、因事随意变更预算的情况;另一方面，由于预算的弹性不足，遇到重大变化时预算的调整受到限制。
